Trình bày thẩm tra dự luật, Chủ nhiệm Ủy ban Pháp luật của Quốc hội Nguyễn Văn Thuận cho rằng Thanh tra Nhà nước là cơ quan ngang bộ, chịu trách nhiệm trước Chính phủ quản lý thống nhất trên cả nước về ngành, lĩnh vực được phân công. “Thế nhưng dự luật lại quy định cơ quan này có chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn như một văn phòng tham mưu giúp việc cho Thủ tướng (báo cáo, đôn đốc, kiểm tra). Tương tự, cơ quan thanh tra các cấp chịu sự chỉ đạo trực tiếp của thủ trưởng cơ quan quản lý cùng cấp… Đây là mâu thuẫn cần nghiên cứu để có giải pháp phù hợp”. Phó Tổng thanh tra Chính phủ Trần Đức Lượng cũng cho rằng “Thanh tra Chính phủ xứng đáng là cơ quan ngang bộ”?!
Phó Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Đức Kiên nói: “Ta không giống như một số nước nhưng thanh tra cần có tính độc lập tương đối. Thực tế, thanh tra có hệ thống bốn cấp ăn lương nhưng nhiều việc cứ đẩy lên xin ý kiến Thủ tướng, đổ hết trách nhiệm cho Thủ tướng mà lẽ ra thanh tra phải chịu trách nhiệm chính. Khi phát hiện vi phạm, thanh tra phải có quyền xử lý” - ông đề xuất.
Chủ nhiệm Ủy ban Quốc phòng và An ninh của Quốc hội Lê Quang Bình bộc trực: “Bộ máy thanh, kiểm tra “trùng trùng điệp điệp” nhưng hiệu quả không cao. Xây dựng trái phép đầy, môi trường nhiều nơi bị ô nhiễm. Có vụ thanh tra “đoàn ra đoàn vào” nhưng không phát hiện sai phạm, chỉ sau khi dân khiếu kiện mới vỡ ra…
Với con số cả vạn thanh tra thuế, xây dựng… ở tổng cục, cục, chi cục, ông Lê Quang Bình và TS Đinh Xuân Thảo (Viện trưởng Viện Nghiên cứu lập pháp) cho rằng việc lập nhiều thanh tra chuyên ngành là trái Luật Thanh tra 2004. “Quốc hội không ai kiến nghị phình bộ máy ở dưới cả” - ông Bình nói.
Ông Nguyễn Văn Thuận cho rằng không nên lập thanh tra chuyên ngành mà lồng ghép “hai trong một”, cán bộ quản lý cục, vụ kiêm luôn thanh tra. Chủ nhiệm Ủy ban Về các vấn đề xã hội Trương Thị Mai thì đề nghị lập thanh tra chuyên ngành đến cấp cục. Bà lấy dẫn chứng, quản lý dược, an toàn thực phẩm “diễn ra hằng ngày” cần tăng cường thanh kiểm tra. Phó Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Đức Kiên thì có quan điểm mở hơn, “đòi hỏi quản lý có hiệu quả, phình bộ máy vẫn phải chấp nhận”.